La Fundació Nen Déu té el seu origen  al any 1892, a Barcelona. Un any abans, fray Bernabé de Astorga es reuneix amb el Doctor en Pediatría Jaime Guerra Estapé, que dirigía els cunsultoris públics i gratuïts que funcionaven en l’Asilo Cuna del Niño Jesús. En aquesta reunió, tracten sobre la fundació d’un hospital per a nens sense recursos. Per a donar forma a aquest projecte, es dirigeigen a un grup de senyores benefactores a les quals exposen la necessitat. Elles, sensibiltizades i impresionades per l’increment de la mortanldat  dels nens de Barcelona, moltes vegades degut a la carència de mitjans, s’entusiasmen per l’obra.

El pare Bernabé, que coneixía el bon fer de Madre Carmen, afirma que les Germanes Franciscanes dels Sagrats Cors poden emprendre aquest nou servei.  El bisbe Don Jaime Català autortiza l’obra del nou Hospital del Niño Dios.

Durant la seva llarga vida, l”assistència sanitària que ofería la institució va passar a ser per a tot el públic, amb tarifes socials al Centre Mèdic Nen Déu.

D’altra banda, es va orientar una part important del seu servei als nens i nenes amb afeccions relacionades al creixement i el desenvolupament, per tant, el Patronat va pensar en obrir una Escola d’Educació Especial en 1968 (Instituto Ortopedagógico).

Actualment,  la Fundació també compta amb un Centre Ocupacional, un Centre de Dia d’Atenció Especialtizada i una Residència.

En 2019, l’Obra Benéfico Social del Niño Dios va canviar la seva denominació per l’actual, Fundació Nen Déu.