Les principals diferències resideixen en el procés de fabricació, que en el cas dels medicaments homeopàtics consta de fases successives de dilució i dinamització (agitació estandarditzada), que permeten reduir la incidència d’efectes secundaris rellevants, i en les exigències per al seu registre a Europa i a Espanya.
Els medicaments homeopàtics estan sotmesos a la mateixa regulació que la resta dels medicaments en matèria d’instal·lacions, personal i processos, i són de venda exclusiva en farmàcies. No obstant això, alguns productes a base de plantes poden trobar-se fora de les farmàcies. A més, tot i que la majoria dels medicaments homeopàtics provenen de substàncies vegetals, com el àrnica, també poden procedir de substàncies animals (verins de serp o d’abella, per exemple) químiques (com l’arsènic) o minerals (com la sal de mar i altres sals).