La Fundació Nen Déu tiene su origen en el año 1892, en Barcelona. Un año antes, fray Bernabé de Astorga se reúne con el Doctor en Pediatría Jaime Guerra Estapé, que dirigía los cunsultorios públicos y gratuitos que funcionaban en el Asilo Cuna del Niño Jesús. En aquella reunión, tratan sobre la fundación de un hospital para niños sin recursos. Para dar forma a este proyecto, se dirigen a un grupo de señoras benefactoras a las que exponen la necesidad. Ellas, sensibilizadas e impresionadas por el incremento de la mortandad infantil de los niños de Barcelona, debida muchas veces a la carencia de medios, se entusiasman por la obra.

El padre Bernabé, que conocía el buen hacer de Madre Carmen, afirma que las Hermanas Franciscanas de los Sagrados Corazones pueden emprender este nuevo servicio.  El obispo Don Jaime Catalá autoriza la obra del nuevo Hospital del Niño Dios

Durante su larga vida, la asistencia sanitaria que ofrecía la institución pasó a ser para todo el público, con tarifas sociales, en el actual Centro Médico Nen Déu.

Por otro lado, se orientó parte de su servicio hacia los niños y niñas con afecciones relacionadas al crecimiento y desarrollo, por lo que el Patronato pensó en abrir en 1968 Escuela de Educación Especial (Instituto Ortopedagógico).

En la actualidad, además de la Escuela de Educación Especial, la Fundación cuenta con un Centro Ocupacional, un Centro de Día de Atención Especializada y una Residencia.

En 2019, la Obra Benéfico Social del Niño Dios cambió su denominación por la actual, Fundació Nen Déu.